在遥远的史前，古植物的模样与现在大相径庭。
十几年前，孙革教授带领着课题组，在中国东北 吉林省的大拉子找到了几块化石。在一般人眼里，它们普通平常，甚至有些难看，但就是这几块化石，让孙革走进了一个百年之谜。在古植物学界，一场飓风，将由此而起。
这是一个单调，却也充满生机的世界。它存在于一亿五千多万年前，在那里，有生命，却没有一朵花。那是史前巨兽恐龙的天下。几千万年过去了，花朵突然出现在这个星球的各个角落。它们带来了鸟语花香，却将自己的出身，神秘的掩藏起来。人们找不到它们的祖先，更无从获知这个家族快速壮大的线索。
一百多年前，查理-达尔文，向整个人类揭示了生命的进化历程。然而谁会想到，在他年过六旬以后，竟会因为小小的花朵而产生无尽的烦恼。他发现，从当时已经找到的化石来看，在距离我们1.1亿年左右的史前时代，花朵已经遍布世界。但如果再往前追溯，这些会开花的植物，就神秘的失踪了。如果找不到它们演化的证据，这将完全违背达尔文自己提出的 关于物种逐渐进化的观点。
他给朋友写了一封信，把这个无法解释的现象称为“讨厌之谜”。几年以后，这个生物进化论的开创者去世了。他把“讨厌之谜”和无数辉煌的成就一起，留给了后世。如果生命是逐渐进化的，就必定有更早，更原始的花，但，它们在那里呢？
在吉林大拉子发现的化石，已经有了结果：那些化石上的叶子，属于有花植物，它们生存的年代，距今大约1亿1千万年！ 1.1亿，这是一个相当敏感的数字， 因为它直接指向“讨厌之谜”。这一天，孙革比以往上班来的更早。从大拉子回来以后，一连几天，他都睡的很少。有一个兴奋的想法一直占据着他的头脑。还在学生时代，孙革就已经熟知达尔文留给后人的这个百年不解之谜，但他还是没有想到，一次普通的课题调查，竟会让他一下子触摸到了这个谜团的边缘。一个大胆的决定诞生了，他要深入这个谜团，找到那朵第一个盛开在这个世界上的花！
中国东北，以盛产化石而闻名世界，因此，研究队伍决定把发掘的范围从吉林扩大到东北三省。他们的下一站是黑龙江省鸡西。从地图上看，队伍的行进路线是一条很短的斜线，但在这条搜索线上，却耗费了课题组整整4年的时间。在大洋另一端一个不太大的实验室里，一个美国人也整天在显微镜下寻找着什么。多年来，布莱纳教授从世界各地收集了许多有花植物的化石标本，其中，一株从以色列带回的花粉化石引起了他极大的关注。通过分析，他认为这株有花植物生存的年代，距今有1亿3千万年。许多人都在为那朵最早的花辛苦奔波，但世界上没有任何相关的发现，比布莱纳的发现更早。他比孙革等人在大拉子找到的化石标本早了两千万年。
转眼已经是1990年的夏天，自从孙革和课题组决定向讨厌之谜挑战以来，4年过去了，4年中，几乎没有任何进展。这一天，课题组再次来到鸡西。在采掘现场刚有点收获，天，却忽然下起了大雨。人们只好等待雨停，并且，整理着刚刚采集到的各种植物化石。如果没有植物制造出充足的氧气，今天的地球也许仍是一个荒芜而死寂的世界。植物以顽强的毅力走出海洋，登上陆地，然而低下的繁殖能力却使它们每前进一小步，都付之以惨重的代价。
起初，植物赤裸着的种子，这直接威胁着后代的安全。渐渐的，它们学会了开花和结果，果实象被子一样，给予种子完美的保护。被子植物应运而生。先进的繁殖方式使他们迅速的占领了地球，最终，为动物和人类创造出了一个适合生存的家园。花朵的出现标志着被子植物的诞生，然而恰恰是这关键的一环，消失在了广袤的地层深处。孙革和课题组的最终目标，就是找到这关键的第一朵花。
人们怀着急切的心情盼望着雨停。几个小时以后，太阳终于出来了，岩层剖面也被雨水冲刷得一清二楚。这一天剩下的时间已经不多，人们拿起工具迅速回到了采掘地点。孙革留下几个人在原地继续采集，自己带领着其他人准备开辟希望更大的采掘点。